Sipas deklaratës së Vatikanit, Papa vdiq nga një goditje në tru. Deklarata erdhi rreth 12 orë pas njoftimit të parë të vdekjes së Papës.
Papa Françesku kishte probleme të rënda shëndetësore, të cilat u përkeqësuan në vitet e fundit të jetës së tij.
Ai vuajti veçanërisht nga sëmundje kronike të mushkërive. Më 14 shkurt ai u shtrua në spitalin Gemelli me një krizë respiratore që u shndërrua në pneumoni të dyfishtë. Ai u shtrua në reanimacion për disa ditë dhe gjendja e tij u stabilizua.